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南京新中醫學(xué)研究院是由針刀醫學(xué)培訓的開(kāi)創(chuàng )者王曉智先生創(chuàng )辦。1987年，王曉智先生與其志同道合的好友、小針刀療法的發(fā)明人朱漢章老師在南京舉辦了全國小針刀療法培訓班，由于針刀療法療效突出，迅速在全國范圍內形成燎原之勢，自此，針刀療法乃至后來(lái)的針刀醫學(xué)在中醫甚至整個(gè)醫學(xué)領(lǐng)域內異軍突起，同時(shí)這種創(chuàng )新精神極大地激發(fā)和促進(jìn)了其它針?lè )爸嗅t特色技術(shù)的創(chuàng )新、推廣和發(fā)展，在中醫行業(yè)內形成了百花齊放、百家爭鳴的局面。南京新中醫學(xué)研究院從事醫療技術(shù)培訓已有36年，被業(yè)內人士稱(chēng)為針刀醫學(xué)的“黃埔軍?！?，簡(jiǎn)稱(chēng)為“南京新中醫”。
2007年王自平接任南京新中醫學(xué)研究院院長(cháng)。 12年來(lái)，在向全國推廣的諸多醫療技術(shù)融匯基礎上，王自平院長(cháng)以中醫診治理念為引領(lǐng)，融合各種醫學(xué)而重新構建了新的醫學(xué)體系，即新中醫診療體系。新中醫診療體系是基于筋膜解剖學(xué)對中醫經(jīng)絡(luò )科學(xué)研究指導下，揭示“五體”（皮、肉、筋、骨、脈）組織結構及“臟腑”、“五志”等相互間關(guān)系和靈活應用不同方法同時(shí)調治同一人體不同疾患的機制，回歸古代中醫從整體結構、功能同時(shí)干預而達到“一人而兼十三科”的診療模式；從方法學(xué)上挖掘古代已失傳的中醫診療技術(shù)、現代各種中醫原創(chuàng )及民間中醫藥特色技術(shù)、現代醫學(xué)診療等方法，遵循古代中醫“一針、二灸、三用藥”的優(yōu)化診療理念，跨學(xué)科、跨領(lǐng)域、融合創(chuàng )新、施行“雜合以治，各得其所宜”新的醫學(xué)診療體系。在技術(shù)推廣和人才培養中，提出以道馭術(shù)，道法自然的哲學(xué)思想；在“新中醫”醫、教、研整體戰略規劃中，確立繼往開(kāi)來(lái)復興中醫，弘道揚善濟世救人的歷史使命。
“新中醫”，這三個(gè)字承載了三十多年來(lái)的奮斗歷程，它不僅指新的醫療技術(shù)、新的治療理念和診療模式，更代表了濟世救人的慈悲之心、不畏艱難的創(chuàng )新精神和復興中醫的家國情懷。
2016年，經(jīng)中國中醫藥研究促進(jìn)會(huì )報請國家民政部、科技部、衛生部批準成立了中國中醫藥研究促進(jìn)會(huì )新中醫分會(huì )，由南京新中醫學(xué)研究院院長(cháng)王自平擔任會(huì )長(cháng)。
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